然而，大变故却在这时降临了。不知道从什么地方，由什么人编著的一部书秘密传播，轰动京师。此书传入后宫，后宫为之震动，后妃美人们惊得发呆，不知所从。这部书书名《忧危竑议》，是援引历代嫡庶废立的故事，编辑而成。书中详引史事，却刺痛了张养蒙、刘道亨、魏允贞、郑承恩、邓光祚、洪其道、程绍、白所知、薛亨、吕坤。矛头自然是指向郑贵妃及其爱子。

《忧危竑议》轰动京师以后，后宫、朝廷自然无法安静。戚党怀疑此书出自戴士衡之手，由张位密授。被书中言词刺痛了的郑承恩马上反攻，说戴士衡假造伪书，中伤善类；樊玉衡颠倒是非，目无圣上，语侵后宫，是为可恶的二衡。神宗被郑贵妃和郑氏私党郑承恩等所奏激怒，下旨严办严审。御史赵之翰这时进奏说，《忧危竑议》确实是戴士衡伪造，谋主是张位，参与密谋的还有徐作、刘楚光、刘应秋、杨廷兰、万建昆。神宗立下圣旨：“礼部右侍郎刘楚先、都察院右都御史徐作罢职；国子祭酒济应秋降调；吏科左给事杨廷兰、礼部主事万建昆贬谪典史；张位先以密荐杨镐东征失利，这次获罪夺职，并值赦不宥。”一时间，反对郑贵妃、语侵后宫的朝臣作鸟兽散。他们或被贬职，或被夺俸，或被远流戍边。他们既没有辩解的余地，又不可能申诉蒙冤。这场《忧危竑议》案便疑云重重，不知道其真相究竟如何，是真的出自反郑派朝臣伪造？还是郑贵妃故意抛出此书，借此将反对派一网打尽，以封住众口，早日结束这场争议？不论这场疑案的真相如何，但此案一出，对郑贵妃确实是极为有利。后宫自此平静了两年。国本之争也因此进入低谷。

刀历二十八年，礼部尚书余继登奏请先册立皇长子，然后冠礼致祝，婚礼致醮。大学士沈一贯也奏请皇长子冠婚。这一年，皇长子十八岁。南京礼部侍郎叶向高等也奏请皇长子行三礼。神宗不予理睬，吩咐迁皇长子入住慈庆宫，并申谕内阁，太子册立有期，不许群臣再交章渎扰。刑部主事谢廷不听，继续奏请册立。结果，谢廷谪调贵州，贬为布政司照磨。大学士沈一贯密揭神宗，认为处罚太重。神宗答复说：“谢廷狂妄，少待之，俾天下臣民晓然知出自朕心。”接着，神宗降谕：“皇长子清弱，大礼稍俟之，百官毋沽名烦聒。”工科都给事王德完无视圣谕，继续烦聒，结果，被送入锦衣卫狱，严刑拷打，追问谁是主谋。郑贵妃的哥哥郑国泰也不甘寂寞，疏请皇子先冠婚，然后册立。科臣王士昌立即反驳。署礼部朱国祚则认为郑国泰故意颠倒其词，背后一定有什么阴谋。郑国泰半年以后破天荒地奏请册储冠婚，惹怒了神宗，下令夺俸。礼科右给事杨天民、王士昌等也因进言立储被谪调贵州。

万历二十九年，大学士沈一贯动之以情，晓之以理，忠恳进奏，深深地打动了神宗。神宗念到“子复生子，孙复生孙，坐见本支之盛，享令名集完福矣”，不禁潸然泪下。神宗当即下旨，近日举行册典，但过不多久，神宗又以典礼未备，想改期册立。沈一贯封还圣旨，力争不可。于是，皇长子朱常洛在这年十月十五日，终于册立为皇太子。国本之争到此似乎结束。

但郑贵妃还在，后宫神宗独宠郑贵妃的局面依旧，《忧危竑议》案依旧还没有结束。太子册立后的第三年，即万历三十一年十一月，京师又突然出现飞书，名《续忧危竑议》，凡三百余言，说神宗准备更易太子，动摇国本。书中怒斥郑贵妃。一夜之间，其书贴遍宫门、巷衢，后宫为之失色。“东宫不得已立之，而从官不备，寓后日改易之意。其特意用朱赓。赓者，更也。内外官附赓者，文则戎政尚书王世所，巡抚孙玮，总督李汶，御史张养志；武则锦衣都督王之祯，都督佥事陈汝忠，锦衣千户王名世、王承恩，锦衣指挥佥事郑国贤。又有陈矩朝夕帝前，以为之主。沈一贯右郑左王，规福避祸，他日必有靖难勤王之事。带领科都给事中项应祥撰，四川道监察御史乔应甲刊。”这一飞书令举朝失色，神宗不免大怒，吩咐厂卫严加搜捕，务得造书主某，并责令项应祥、乔应甲回奏，讲明这是怎么回事！项应祥、乔应甲慌忙进奏申辩，说这是奸人诽谤，世上哪有奸书谤人自署其名之理？两人于是无事。那么妖书令朝野震动，搅翻了后宫，究竟是何人所为呢？有的说此书出自清流之手，想倾覆沈一贯。有的马上辩解，说认定此书出自清流之手，是想诬陷清流领袖郭正域，因为郭正域见忌于沈一贯，这是一个阴谋。沈一贯听命于郑贵妃，这飞书是出自反郑朝臣之手，还是郑贵妃指人所为？这又是一个谜。不过，这场《续忧危竑议》案一出，拷掠牵连，众多立储甚力的朝官遭受荼毒，惨不忍睹。

此案的详细经过和结局，宜在《帝王外朝纪实》中详谈，在这里从略。《胜国宫词》中有这样一首：

国本轻摇心魄寒，夤缘宵小釁多端。

熏天煽及黄扉老，愿托同宗有万安。

明神宗万历年间，由于郑贵妃的存在，宫中一直没有平静过，大案迭起，异常热闹。继争国本和《忧危竑议》案之后，又相继发生了廷击案、红丸案、移宫案。廷击案发生在万历四十三年。这一年五月，蓟州男子张差持梃闯入太子朱常洛居住的慈庆宫，打伤守门太监李鉴，直到前殿檐下，被内官韩本用执获，交付东华门守卫指挥朱雄。严刑拷问之下，供出是郑贵妃宫监庞保、刘成指使。神宗不愿追究，先杀张差弃市，后杀庞保、刘成于禁中。红丸案发生在万历四十八年，这年七月神宗去世，太子朱常洛即位，为明光宗。不久，光宗染病，得痢疾。郑贵妃内侍崔文升进大黄药，服后病情加剧，一昼夜泻三四十次。鸿胪寺官李可灼进红丸两颗，名称仙丹，结果，光宗服仙丹即死去，在位仅天。移宫案事涉杏选侍。这便是驰名历史的明宫三案。